超純水器的使用壽命與水質、日常維護有著緊密的聯系。水質差、日常不注重清洗維護會加重縮短超純水器的使用期。在超純水器的水箱及RO膜表面極易產生菌膜，菌膜會使純水器的運轉出現問題，如造成濾膜阻塞、內壓升高、系統漏水、增壓泵損壞;菌膜也造成離子交換樹脂無法正常工作;菌膜還會阻塞RO膜;定期清洗水箱;及時更換耗材，不管用水量大小，凡是浸泡在水中的耗材都不可避免地形成菌膜，使用中要根據情況及時更換純水器的耗材，這樣才可避免菌膜的產生并使純水器達到良好狀態，保持實驗結果在低污染背景下的高一致性。
精密濾芯、活性炭濾芯、反滲透膜、純化柱都是具有相對壽命的材料，精密濾芯和活性炭濾芯實際上是對反滲透膜的保護，如果它們失效，那么反滲透膜的負荷就加重，壽命減短，如果繼續開機的話，那產生的純水水質就下降，隨之就加重了純化柱的負擔，則純化柱的壽命就會縮短。最終結果是加大了超純水器的使用成本。
